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中國人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃:解密中國人的健康密碼
  • 發(fā)布日期:2016-07-06     信息來源:      瀏覽次數(shù):2605
    • 中國科學(xué)院院士賀福初有一個(gè)比喻:基因組和蛋白質(zhì)組的關(guān)系就像詞典與文章、元素表與化工廠?;蚪M學(xué)中微小的差異,在蛋白質(zhì)組學(xué)中可以被千倍甚至近萬倍地放大。因此,要真正闡釋生命,必須從蛋白質(zhì)組中尋找答案。

      北京市昌平區(qū)中關(guān)村生命科學(xué)園的主入口處,一棟由南北雙樓組成的銀白色建筑呈一字型展開。這里是國家蛋白質(zhì)科學(xué)中心—北京(鳳凰中心)的總部大樓,也是“中國人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃”(以下簡稱CNHPP)的主要研究基地,從2014年6月至今,有關(guān)人類蛋白質(zhì)組的龐大數(shù)據(jù)在這棟建筑中陸續(xù)被測(cè)量和解讀。

      偶爾從門口經(jīng)過的人也許無法想象,這些數(shù)據(jù)有一天會(huì)*改變眼前的生活?;谌祟惢蚪M這部“天書”而發(fā)展起來的醫(yī)療,將因?yàn)槿祟惖鞍踪|(zhì)組信息的清晰而變得更加精細(xì)和普適。

      不久前,鳳凰中心主任、北京蛋白質(zhì)組研究中心主任、蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室副主任秦鈞在*屆生命組學(xué)與醫(yī)學(xué)大會(huì)上對(duì)CNHPP作了介紹,《中國科學(xué)報(bào)》記者就該計(jì)劃對(duì)其進(jìn)行了專訪。

      只有蛋白質(zhì)組才能從根本上闡釋生命

      《中國科學(xué)報(bào)》:人類基因組計(jì)劃完成了對(duì)人類23對(duì)染色體上全部DNA攜帶的遺傳信息的總和——30億個(gè)堿基對(duì)的測(cè)序工作,人體“天書”已完整地呈現(xiàn)在了人類面前。現(xiàn)在對(duì)人類蛋白質(zhì)組展開研究,其意義是什么?

      秦鈞:科學(xué)界曾經(jīng)認(rèn)為,只要繪制出人類基因組序列圖,就能了解疾病的根源,但事實(shí)并非如此。

      基因是人類遺傳信息的載體,是生命奧秘zui原始、zui根本的物質(zhì)基礎(chǔ)。蛋白質(zhì)是基因表達(dá)的產(chǎn)物,是構(gòu)成有機(jī)體的主要成分,是所有生命活動(dòng)的載體和功能執(zhí)行者,是細(xì)胞執(zhí)行生長、發(fā)育、衰老和死亡等各種生命活動(dòng)的基本單位。蛋白質(zhì)與基因密切相關(guān),但是在此基礎(chǔ)上又產(chǎn)生很多變化,造就了生物體不同的形態(tài)、形狀,或者執(zhí)行不同的功能。

      一個(gè)有機(jī)體只有一個(gè)基因組,但是同一個(gè)有機(jī)體的不同細(xì)胞中的蛋白質(zhì)的組成和數(shù)量卻隨細(xì)胞種類和功能狀態(tài)的不同各有差異。比如,人體不同組織器官的基因組是一樣的,但是各個(gè)組織器官的蛋白質(zhì)組不*一樣。人和鼠的基因組的差別僅為1%,但是其形態(tài)、性狀差別非常大,這就是蛋白質(zhì)組不一樣的體現(xiàn)。

      中國科學(xué)院院士賀福初有一個(gè)比喻:基因組和蛋白質(zhì)組的關(guān)系就像詞典與文章、元素表與化工廠。確實(shí)如此,基因組學(xué)中微小的差異,在蛋白質(zhì)組學(xué)中可以被千倍甚至近萬倍地放大。因此,要真正闡釋生命,必須從蛋白質(zhì)組中尋找答案。

      《中國科學(xué)報(bào)》:在CNHPP開展之前,中國科學(xué)家已經(jīng)主導(dǎo)執(zhí)行過“人類肝臟蛋白質(zhì)組計(jì)劃”(HLPP)。和HLPP相比,CNHPP對(duì)研究方法和技術(shù)提出哪些新的要求?

      秦鈞:與前期的HLPP相比,無論從研究思路、技術(shù)方法,還是平臺(tái)和團(tuán)隊(duì),CNHPP都有較大的改進(jìn)和,研究范圍也顯著擴(kuò)大。特別是對(duì)數(shù)據(jù)質(zhì)量、數(shù)據(jù)產(chǎn)出的速度等要求也越來越高。比如,蛋白質(zhì)組的分析速度、精度以及在定量、可視化等方面要求不斷提升。在CNHPP中,我們將對(duì)象擴(kuò)展到心臟、肝臟、胃、肺臟、腎臟等人體器官,獲得的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)不僅可以在器官內(nèi)比較,更可以在器官間分析,獲得全面的認(rèn)識(shí)。

      樣本檢測(cè)效率可提升6倍

      《中國科學(xué)報(bào)》:為了繪制人類蛋白質(zhì)組的精細(xì)圖譜,CNHPP都將展開哪些研究?

      秦鈞:主要開展的研究包括:建立樣本采集方法標(biāo)準(zhǔn)、樣本預(yù)處理和生物質(zhì)譜分析策略;進(jìn)行含有定量信息的正常組織和疾病、疾病旁組織蛋白質(zhì)表達(dá)譜、磷酸化譜、轉(zhuǎn)錄因子譜構(gòu)建;建立臨床蛋白質(zhì)組大數(shù)據(jù)平臺(tái);通過數(shù)據(jù)分析、知識(shí)挖掘,發(fā)現(xiàn)若干疾病人群特征性信號(hào)通路變化的線索以及它們和病人手術(shù)后存活的關(guān)系。

      這其中包含了很多難題。首先需要攻克的是蛋白質(zhì)分離鑒定的速度、樣本通量,除此之外,還有微量或痕量蛋白質(zhì)的分析、蛋白質(zhì)組大數(shù)據(jù)構(gòu)建和多維度組學(xué)對(duì)接、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的深入分析和知識(shí)挖掘的方法策略等。

      《中國科學(xué)報(bào)》:CNHPP從2014年6月啟動(dòng),迄今取得了哪些進(jìn)展?

      秦鈞:主要包括五個(gè)方面的進(jìn)展。

      首先,建立了樣本采集方法標(biāo)準(zhǔn),并推廣至全體項(xiàng)目團(tuán)隊(duì),各臨床團(tuán)隊(duì)已完成100組以上的樣本,包括正常組織、疾病組織、疾病旁組織的收集。第二,建立了樣本預(yù)處理和生物質(zhì)譜分析策略,包括表達(dá)譜、磷酸化譜、轉(zhuǎn)錄因子譜方法標(biāo)準(zhǔn)。第三,建立了一種新蛋白質(zhì)組分析策略,可在接近和達(dá)到樣本蛋白表達(dá)數(shù)量的水平上,將檢測(cè)時(shí)間縮短至傳統(tǒng)蛋白質(zhì)組技術(shù)的1/7左右。該分析策略已作為本項(xiàng)目的技術(shù)規(guī)范應(yīng)用在所有樣本的檢測(cè)分析中。第四,通過測(cè)定和分析個(gè)體的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù),進(jìn)行含有定量信息的正常組織和疾病、疾病旁組織蛋白質(zhì)表達(dá)譜、磷酸化譜、轉(zhuǎn)錄因子譜構(gòu)建。zui后,通過初步數(shù)據(jù)分析,發(fā)現(xiàn)若干疾病人群特征性信號(hào)通路變化的線索。

      蛋白質(zhì)是zui終解決醫(yī)學(xué)問題的出路

      《中國科學(xué)報(bào)》:你剛才提到了對(duì)蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的分析,其實(shí)將所得到的海量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成有意義的海量信息才是研究的主要目的,現(xiàn)有的信息分析技術(shù)能夠達(dá)到這一目標(biāo)嗎?

      秦鈞:我們通過聯(lián)合相關(guān)生物學(xué)家、臨床學(xué)家以及生物分析學(xué)家分析海量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),一是通過各種生物信息學(xué)分析方法,努力從數(shù)據(jù)中挖掘有用的信息;二是依靠生物學(xué)家、臨床學(xué)家,從生物學(xué)問題,臨床問題、臨床需求等方面研讀數(shù)據(jù)。

      現(xiàn)有的生物信息技術(shù)還不能*按照我們的要求和期望分析蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)。從規(guī)模和深度來看,CNHPP產(chǎn)生的數(shù)據(jù)對(duì)當(dāng)前生物信息學(xué)是個(gè)挑戰(zhàn)。因此,我們還在不斷開發(fā)和整合新的生物信息技術(shù),希望構(gòu)建一個(gè)整合、快速、功能強(qiáng)大、的生物信息分析平臺(tái),以滿足不斷產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)的分析,這其實(shí)也是CNHPP的一個(gè)主要發(fā)展方向。

      《中國科學(xué)報(bào)》:CNHPP的科學(xué)價(jià)值如何切實(shí)造福人類?

      秦鈞:從現(xiàn)階段看,至少在以下幾個(gè)方面可造福人類。

      一是通過對(duì)重大疾病發(fā)生發(fā)展過程中的重要調(diào)控通路和重要調(diào)控蛋白質(zhì)進(jìn)行研究,揭示重大疾病的發(fā)生發(fā)展機(jī)制,同時(shí)獲得一批重要疾病診斷標(biāo)志物、藥物靶標(biāo),從而提高重大疾病的防診治水平。比如,通過篩選更多更具有診斷和判別意義的生物標(biāo)志物,提高重大疾病的早期診斷能力或者為疾病早期預(yù)警、健康體檢監(jiān)測(cè)等提供重要依據(jù),通過對(duì)疾病發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)的蛋白質(zhì)及其信號(hào)通路等的研究,為醫(yī)療提供判別依據(jù)和相應(yīng)的手段。二是可以通過新的診斷試劑、創(chuàng)新藥物以及相關(guān)科學(xué)儀器、診療設(shè)備等多種產(chǎn)品的市場(chǎng)化推動(dòng)生物醫(yī)藥經(jīng)濟(jì)的發(fā)展。

      《中國科學(xué)報(bào)》:CNHPP如何促進(jìn)醫(yī)療的發(fā)展?

      秦鈞:我要特別強(qiáng)調(diào)CNHPP對(duì)目前正在籌劃、即將啟動(dòng)的中國醫(yī)療計(jì)劃的啟示。美國的醫(yī)療計(jì)劃沒有包含蛋白組學(xué)的內(nèi)容,是個(gè)很大的缺陷。中國的醫(yī)療計(jì)劃在蛋白組學(xué)上有考慮和布局,是一個(gè)顯著的進(jìn)步。

      蛋白質(zhì)zui終會(huì)是醫(yī)學(xué)的出路?,F(xiàn)在蛋白組學(xué)剛剛起步,相當(dāng)于基因組學(xué)10~15年前的水平,但其發(fā)展勢(shì)頭已展現(xiàn)出蓬勃生機(jī)。中國的蛋白組學(xué)起步早,進(jìn)步快,在世界的蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域占有一席陣地。zui近建成、投入試運(yùn)行的國家蛋白質(zhì)組學(xué)大科學(xué)設(shè)施——鳳凰中心已在CNHPP的實(shí)施中發(fā)揮了作用。其強(qiáng)大的蛋白質(zhì)組解析能力,正在發(fā)展的蛋白質(zhì)組生物信息學(xué)技術(shù)和方法,統(tǒng)一的樣本準(zhǔn)備流程,均一的質(zhì)量控制方法和與臨床醫(yī)生的緊密合作、無縫連接,已對(duì)CNHPP高質(zhì)量數(shù)據(jù)的產(chǎn)出和分析提供了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)和保障。

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